呈枉屈，戍新疆。时邓廷桢奏击英吉利兵船于厦门走之，忌者谓其不实，命俊藻复往，陈战胜状。回京，仍直南书房。二十一年，调，命为军机大臣。

二年，上服除，俊藻偕倭仁、李鸿藻上疏曰：“皇上冲龄践阼，智慧渐开。当此释服之初，吉礼举行，圣心之敬肆于此分，风会之转移即于此始，则玩好之渐可虑也，游观之渐可虑也，兴作之渐可虑也。嗜好之端一开，不惟分诵读之心，海内之窥意旨者，且将从风而靡。安危治之机，其端甚微，所关甚钜，可无慎乎？方今军务未平，生民涂炭，正君臣儆之时，非上下恬熙之日。伏原皇上恪遵慈训，时时以忧勤惕厉为心，以逸乐便安为戒。凡内廷服御一切用项，稍涉浮靡，概从裁减；向例所有，不妨量为撙节。如是，则外务之纷华不接于耳目，诗书之启迪益敛夫心思，圣学日新，圣德日固，而去奢崇俭之风，自不令而行矣。”疏上，优诏褒答焉。

十一年，穆宗即位，特诏起用。疏陈时政六事：曰保护圣躬以崇帝学；曰绥辑民心以清盗源；曰重守令以固民心；曰开制科以收人才；曰速剿山东、河南贼匪，严防山西、陕西要隘，以卫畿辅；曰敦崇节俭以培元气。言甚切挚，并被嘉纳，次第施行。命以大学士衔授礼尚书。同治元年，穆宗学，命直弘德殿，偕翁心存、倭仁、李鸿藻同授读，摘录经史二帙呈。上读大学毕，俊藻疏推陈为人君止于仁之义，略曰：“大学一书，皇上已成诵，凡制治保之，用人行政之源，胥在于是。为人君之，止于仁而已。治国平天下两章，言仁者六，终之以未有上好仁而下不好义。盖仁者必以仁亲为宝，故能人，能恶人。不好仁，则好人之所恶，恶人之所好。仁者必以贪为戒，故忠信以得之，不仁者则骄泰以失之矣。仁者以义为利，不以利为利，故以财发，不仁者则以发财，菑害并至矣。千古治之机，判于义利，而义利之判，则由于上之好仁不好仁也。如近日所讲帝鉴图说，下车泣罪，解网施恩，泽及枯骨等事，斯即帝王仁心所见端也。若纳谏求贤，尊儒远佞，则仁亲为宝，能好能恶之说也。台罢工，裘卻献，则以义为利，不以利为利之说也。帝鉴图说讲毕，请讲舆地，以会典诸图简明，易于指画。又耕织图及内府石刻宋远豳风图为农桑衣之原，皇上读书之暇，随时讲求，庶知稼穑之艰难，懔守成之不易也。”

俊藻提倡朴学，延纳寒素，士林归之。疏言：“通经之学，义理与训诂不可偏重。后学不察，以训诂专属汉儒，义理专属宋儒，使画分界限，学术日歧。”因举素所知寒士端木埰、郑珍、莫友芝、阎汝弼、王轩、杨宝臣，经明行修，堪资使。又疏言：“军兴以来，不讲吏治，请下中外大臣，保举循吏及伏潜修之士，以备任用。”自举原任同知刘大绅、察使李文耕、大顺广刘煦，请宣付史馆循吏传。又荐直隶知县张光藻、陈崇砥、王兰广，山东知县蒋庆第，山西知县程豫、吴辉祖及江南优贡端木埰，山西举人秦东来。并嘉纳允行。屡以病乞休，三年，诏致

咸丰元年，调工，兼三库事务。二年，复调。广西匪日炽，湖南，遂不可制，湖北、江南数省先后沦陷。军兴财匮，议者试行钞法，又铸当百、当五百大钱，皆行之未久而滋弊。尚书肃顺同掌事，尚苛刻。又湘军初起，肃顺力言其可用，上乡之，俊藻皆意与龃，屡称病请罢，温诏留。四年冬，复以为请，乃允致仕。十年，英法联军犯天津，车驾将幸河，俊藻密疏切谏。又言关中形胜可建都，釐捐病民，北省尤宜急停，并报闻。

二十六年，偕尚书文庆长芦盐运使陈鉴挪拨盐课，弥补加价，褫其职，历任盐政运司议谴有差。二十九年，以尚书协办大学士，命赴甘肃偕琦善前任总督布彦泰清查舛误、纵容家丁，下严议。回京，请便省墓，途次闻宣宗崩，过里门不。文宗即位，拜仁阁大学士，仍。俊藻自光中论洋务与穆彰阿不合，至是文宗锐意图治，罢穆彰阿，俊藻遂领枢务，开言路，起用旧臣，俊藻左右之。